Giáo Hội Báp-tít Việt Nam được khởi xướng bởi những người Báp-tít đã phục hồi từ những năm 1986, tiếp nối thi hành Đại Mạng Lệnh của Chúa Cứu thế Giê-xu theo Kinh Thánh (Ma-thi-ơ 28:18-20; Mác 16:15) “Hãy đi khắp thế gian giảng Tin lành cho mọi người”.
Sau ngày đất nước độc lập và thống nhất, các tôi con Chúa thờ phượng, sinh hoạt Đạo tại Tư gia đã kết nối sự thăm viếng trên cơ sở nối tiếp Sứ mạng Truyền giáo tiếp tục phát huy truyền thống dân chủ của hệ phái Báp-tít Liên hữu với nhau. Bởi quyền năng Đức Thánh Linh, ngày 08/08/1988, tại TP. Hồ Chí Minh các chức sắc, tín đồ thuộc Báp-tít nhóm lại thành lập Hội thánh Báp-tít Việt Nam (Nam Phương) đồng thời hoạt động trong sự tự trị và trãi qua các kỳ Đại Hội Bồi linh những 1989, 1991, 1994, 1998, 2001, 2005. Đại Hội đồng thứ I (Lần thứ 7 lịch sử Hội thánh) tổ chức vào ngày 08/00/2008 được công nhận Tổ chức Tôn giáo Pháp nhân. Trong quá trình phát triển, Giáo hội Báp-tít Việt Nam đã xác định đường hướng “Sống Phúc âm, Phụng sự Thiên Chúa, Phục vụ Tổ quốc, Gắn bó Dân tộc và Tuân thủ Luật pháp”.
Dấu ấn bước ngoặc quan trọng, tinh thần yêu thương hiệp một Hội thánh cả nước nên đến Đại Hội đồng lần thứ III thì danh xưng của Hội thánh Báp-tít Việt Nam (Nam Phương) trước đây đã được đổi thành Giáo hội Báp-tít Việt Nam vào ngày 09/08/2016. Sau biến cố đại dịch Covid ảnh hưởng nhiều đến tình hình chung của Giáo hội, rồi Hiến chương Giáo hội đã được tiếp tục tu chỉnh, đồng thuận vào ngày 30/03/2022 của Đại Hội đồng lần thứ IV.
Giáo Hội đã trãi qua 04 lần đổi Danh xưng: 1. Hội Thánh Báp-tít Tư Gia Việt Nam (1988-1998), 2. Hội Thánh Liên Hữu Báp-tít Việt Nam (1999-2005), 3. Hội Thánh Báp-tít Việt Nam (Nam Phương - 2005-2015), 4. Giáo Hội Báp-tít Việt Nam (2016-nay). Bên cạnh đó cũng có 03 lần đổi chức danh của người đứng đầu Giáo hội là: Chủ tịch (2008-2016), Hội trưởng (2016-2026) và Giáo Hội trưởng (2026-nay). Từ những ngày đầu của Chỉ thị 01-Pháp Lệnh Tín ngưỡng Tôn Giáo 2004 được Quốc hội thông qua đến Luật Tín ngưỡng-Tôn giáo 2017 đã từng bước ổn định.
Giáo Hội Báp-tít Việt Nam đã kết nối với Cựu Giáo sĩ Báp-tít trở lại Việt Nam (-1987); Hội Truyền Giáo Báp-tít Mỹ (ABC-IM- 1995); Gắn kết Liên Hữu Báp-tít Việt Nam Hoa-kỳ (2001); Trung Tâm Huấn Luyện Mục sư Quản nhiệm (BTCP-2003); Hội Thánh Báp-tít Sam-ho, Hàn Quốc (2007); Trường Đại học Goldenville University (GU-2009); là thành viên của Liên Minh Báp-tít Thế Giới ( BWA-2010); Báp-tít Châu Á Thái Bình Dương (APBF-2013); Hợp tác với Trường Đại học Center Philippines University (CPU-2013) và cùng với Quý Mục sư Lãnh đạo Hiệp hội Thông công Tin Lành (VEF-VEA-BGEA) tại Việt Nam tổ chức các chương trình Truyền giảng Tin lành vào những kỳ lễ trọng thể.
Hiện nay, Giáo hội hoạt động 34 Ban Đại diện-Đại diện tỉnh, thành phố và 18 Hội thánh Cơ sở được công nhận tôn giáo trực thuộc, cùng 509 Điểm nhóm, gồm 1.117 chức sắc là Mục sư, Mục sư Nhiệm chức, Nữ Truyền giáo, Truyền đạo, Giáo sĩ; hơn 65.300 tín đồ; 02 Văn phòng tại TP. Hồ Chí Minh và TP. Hà Nội. Đăng ký Trường Thần học Thánh kinh Lớp Bồi dưỡng Thần học tập trung tại TP. Hồ Chí Minh với 85 sinh viên và TP. Hà Nội có 65 sinh viên, tổng số là 150 sinh viên đang theo học chương trình Trung cấp, Cao đẳng, Cử nhân Thần học với phương châm “Sửa soạn cho Chúa một dân sẵn lòng” ( Lu-ca 1:17b). Đồng thời mở 14 Lớp Kinh thánh cho những chức sắc, chức việc do Sở Dân tộc và Tôn giáo tỉnh thành chấp thuận. Được cấp đất Tôn giáo 06 Cơ sở tại TP. Hồ Chí Minh, TP. Cần Thơ, tỉnh Lâm Đồng, tỉnh Quảng Ngãi. Cùng đồng hành với đức tin của toàn thể Giáo hội thì có 40 nhóm đồng bào dân tộc thiểu số khắp đất nước.
Tầm nhìn giai đoạn lịch sử kỷ nguyên mới của dân tộc, sáp nhập đơn vị hành chính hai cấp. Bước hành trình mới của Giáo hội Báp-tít Việt Nam tu chỉnh sửa đổi Hiến chương gồm 11 chương và 55 điều, được thông qua tại Đại Hội đồng lần thứ V vào ngày 31/03/2026. Hiến chương nầy tiếp tục tôn trọng truyền thống dân tộc, đời sống xã hội, phù hợp với luật pháp Việt Nam và thực tế hoạt động Giáo hội Báp-tít Việt Nam.